Stiftungsprofessuren werden, wie der Name schon nahelegt, ganz oder zumindest teilweise von einem Drittmittelgeber finanziert. Rund zwei Prozent der Lehrstühle in Deutschland werden gestiftet. Oft übernimmt jedoch nach Ablauf der Förderdauer die entsprechende Hochschule die Stiftungsprofessur als reguläre W2- oder W3-Professur. Die meisten Stiftungsprofessuren haben eine Laufzeit von fünf Jahren, aber auch zehn Jahre sind möglich. Bei der Schaffung dieser Stellen betätigt sich oft der Stifterverband für die Wissenschaft als sachkundiger Vermittler zwischen den Förderern und den Hochschulen. Eine Stiftungsprofessur wird in der Regel eingerichtet, wenn ein Förderer für ein Thema, das ihm wichtig ist, eine Hochschule findet, die dieses Forschungsthema ebenfalls bearbeiten will. Die Professuren stehen deshalb bisweilen in dem Ruf, nicht unabhängig forschen zu können. Immerhin werden vier von zehn Stiftungsprofessuren von Unternehmen finanziert, die das bestimmt nicht uneigennützig tun.
